Un narrador protagonista anónimo en primera persona omnisciente cuenta la historia de su matrimonio con Morella, una culta y extraña mujer que lee y profundiza en las prohibidas páginas del misticismo. Sus sentimientos hacia ella habían sido siempre extraños e indefinibles, el narrador sabe que nunca sintió amor por Morella. Como resultado de sus prácticas y lecturas, logró la inmortalidad de su alma, pero su forma física había empezado a deteriorarse cada vez más, por lo tanto pasa su tiempo en su cama hablando con su marido y enseñándole las artes oscuras que había aprendido. Él estaba sumamente asustado por las palabras de Morella y en secreto le deseaba la muerte, pese a que intentaba disimularlo todo el tiempo. Finalmente, muere durante el parto, pero su alma pasa a habitar en el cuerpo de la hija de ambos. Morella, antes de morir le dice al narrador, su marido, que nunca fue amada por él, por consiguiente, después de la muerte sería amada por él con un amor perfecto y puro.
An unnamed narrator marries Morella, a woman with great scholarly knowledge who delves into studies of the German philosophers Fichte and Schelling, dealing with the question of identity. Morella spends her time in bed reading and teaching her husband. Realizing her physical deterioration, her husband, the narrator, becomes frightened and wishes for his wife's death and eternal peace. Eventually, Morella dies in childbirth proclaiming: "I am dying. But within me is a pledge of that affection... which thou didst feel for me, Morella. And when my spirit departs shall the child live."
As the daughter gets older the narrator notices she bears an uncanny resemblance to her mother, but he refuses to give the child a name. By her tenth birthday the resemblance to Morella is frightening. Her father decides to have her baptized to release any evil from her, but this event brings the mother's soul back into her daughter. At the ceremony, the priest asks the daughter's name, to which the narrator replies "Morella". Immediately, the daughter calls out, "I am here!" and dies. The narrator himself bears her body to the tomb and finds no trace of the first Morella where he lays the second.
