Dete��o de ort�logos e par�logos utilizando a �rvore filogen�tica
A ortologia e a paralogia são conceitos centrais na biologia evolutiva. A previsão de ortólogos (genes homólogos que divergiram devido à especiação) e paralólogos (genes homólogos que divergiram devido à duplicação) é parte integrante de muitos métodos de genómica comparativa. Existem vários métodos utilizados para inferir ortologia e paralogia. A ortologia e a paralogia podem ser inferidas utilizando métodos baseados em grafos e métodos filogenéticos. No entanto, o método baseado em análises filogenéticas assemelha-se muito à definição original de ortologia e paralogia e é conhecido por ser exato. No presente trabalho, é desenvolvido um pipeline para a deteção de ortólogos e paralólogos com base na abordagem filogenética. Um conjunto de proteínas foi descarregado do UniProt e foi criada uma base de dados. Foram detectados ortólogos e parálogos para a sequência de proteínas em causa. Foram utilizados o algoritmo de sobreposição de espécies e o limiar de distância patrística entre pares para identificar a previsão exacta e ajustada de parálogos e ortólogos. Foi desenvolvida uma interface amigável para facilitar a utilização.
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Dete��o de ort�logos e par�logos utilizando a �rvore filogen�tica
A ortologia e a paralogia são conceitos centrais na biologia evolutiva. A previsão de ortólogos (genes homólogos que divergiram devido à especiação) e paralólogos (genes homólogos que divergiram devido à duplicação) é parte integrante de muitos métodos de genómica comparativa. Existem vários métodos utilizados para inferir ortologia e paralogia. A ortologia e a paralogia podem ser inferidas utilizando métodos baseados em grafos e métodos filogenéticos. No entanto, o método baseado em análises filogenéticas assemelha-se muito à definição original de ortologia e paralogia e é conhecido por ser exato. No presente trabalho, é desenvolvido um pipeline para a deteção de ortólogos e paralólogos com base na abordagem filogenética. Um conjunto de proteínas foi descarregado do UniProt e foi criada uma base de dados. Foram detectados ortólogos e parálogos para a sequência de proteínas em causa. Foram utilizados o algoritmo de sobreposição de espécies e o limiar de distância patrística entre pares para identificar a previsão exacta e ajustada de parálogos e ortólogos. Foi desenvolvida uma interface amigável para facilitar a utilização.
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Product Details
| ISBN-13: | 9786208405762 |
|---|---|
| Publisher: | Edicoes Nosso Conhecimento |
| Publication date: | 12/27/2024 |
| Pages: | 60 |
| Product dimensions: | 6.00(w) x 9.00(h) x 0.14(d) |
| Language: | Portuguese |
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