Wiley-Schnellkurs Bioinformatik für Anwender

by Röbbe Wünschiers

Overview

Die digitale Datenverarbeitung wird auch für Lebenswissenschaftler immer wichtiger. Hier setzt dieser Schnellkurs an. Röbbe Wünschiers erklärt Ihnen, wie Sie mit Sequenz-, Struktur- und anderen Daten umgehen sollten. Er erläutert, wie Sie Linux als virtuelle Maschine installieren und wie Ihnen Linuxtools wie Sed oder die einfache Programmiersprache AWK bei der Datenanalyse helfen können. Außerdem führt er Sie knapp in weitere Bereiche ein, die Ihnen das digitale Leben erleichtern können: das Datenbanksystem MariaDB/MySQL, die Programmierumgebung R für statistisches Rechnen und Datenvisualisierung, die Textsatzsprache LaTeX und einiges mehr. Ausgearbeitete Beispiele aus den Lebenswissenschaften und Übungsaufgaben samt Lösungen helfen Ihnen Ihr Wissen zu festigen und zu überprüfen. Auf der Webseite datenmassen.de finden sich alle Daten und Abbildungen zum Download.

Product Details

ISBN-13:	9783527805532
Publisher:	Wiley
Publication date:	07/14/2016
Series:	Wiley Schnellkurs
Sold by:	JOHN WILEY & SONS
Format:	eBook
Pages:	256
File size:	9 MB
Language:	German

About the Author

Robbe Wunschiers studierte Biologie in Marburg und promovierte ebenda. Er habilitierte sich 2006 in Koln und arbeitete bis 2009 bei der BASF. Seit 2009 ist er Professor fur Biochemie und Molekularbiologie an der Hochschule Mittweida.

Röbbe Wünschiers studierte Biologie in Marburg und promovierte ebenda. Er habilitierte sich 2006 in Köln und arbeitete bis 2009 bei der BASF. Seit 2009 ist er Professor für Biochemie und Molekularbiologie an der Hochschule Mittweida.

Table of Contents

Vorwort von Michael Bölker 13

Vorwort von Diethard Tautz 15

Vorwort des Autors 17

1 Einleitung 19

1.1 Was Sie über Bioinformatik wissen – sollten 19

1.2 Meine Leser 27

1.3 Notwendiges Vorwissen 28

1.4 Ziel des Buches 29

1.5 README 34

1.6 Was bedeutet was 35

I Vorbereiten

2 Lebenswissenschaften und Daten 37

2.1 Sequenzdaten 38

2.2 Strukturdaten 42

2.3 Andere Daten 42

3 Daten und Linux 43

3.1 Wer oder was ist Linux? 43

3.2 Installation einer virtuellen Maschine 44

3.3 Die Bash-Kommandozeile 50

3.4 Heimarbeit = Fernverbindung 57

3.5 Textdateien editieren 60

3.6 Textdateien anzeigen und analysieren 65

3.7 Reguläre Ausdrücke 68

3.8 Datenströme mit Sed bearbeiten 70

3.9 Spielen mit Daten 72

3.10 Software/Pakete verwalten 72

3.11 Übersicht der Bash-Befehle 74

4 Programmierung 77

4.1 Was wollen wir erreichen? 77

4.2 Schnellstart mit AWK 77

4.3 Wie geht es weiter? 92

II Arbeiten

5 Forensische Mikrobiologie – Was ist so schlimm an EHEC? 95

5.1 Hintergrund 95

5.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 96

5.3 Vorgehen 97

6 RNASeq und Biogas – Identifikation Biogas-produzierender Bakterien 103

6.1 Hintergrund 103

6.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 104

6.3 Vorgehen 108

7 Vom Gen zum Methan – Expressionsdaten auf Stoffwechselkarten projizieren 117

7.1 Hintergrund 117

7.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 118

7.3 Vorgehen 119

8 Bio(t)error – Gefährliche Mutationen des H1N1-Schweinegrippevirus 127

8.1 Hintergrund 127

8.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 129

8.3 Vorgehen 136

9 Ebola – Detektion von Variation durch Resequenzierung 145

9.1 Hintergrund 145

9.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 147

9.3 Vorgehen 154

III Veröffentlichen

10 Daten in die Datenbank 165

10.1 Warum nicht Excel? 165

10.2 MySQL und MariaDB 166

11 Daten beschreiben & darstellen mit R 187

11.1 Installation von R und RStudio 187

11.2 Erste Rechenübungen 189

11.3 Mit Graphiken interagieren 194

11.4 Graphiken in eine Datei schreiben 195

11.5 Daten aus und in Dateien laden 196

11.6 Daten aus MySQL importieren 199

11.7 Übersicht über die Daten gewinnen 201

11.8 Zeitreihen in Heatmaps 205

11.9 Statistik 209

11.10 R in der Bash 213

11.11 Regression 213

11.12 Pakete installieren 217

11.13 Zusammenfassung der R-Befehle 218

12 Es allen zeigen 221

12.1 Texte mit LATEX erstellen 221

12.2 Webseiten mit dynamischen Daten erstellen 225

IV Antworten und Literatur

13 Antworten 243

Literaturverzeichnis 247

Index 251

Whitespace 255